石门山自然保护区位于旬邑县东北部，子午岭南端的黄土高原丘陵沟壑区，距旬邑县城21公里。保护区东界北段以长蛇岭、贯草梁。老爷岭与铜川市耀州区（陕西香山省级自然保护区）为界，南段经老庄子北支梁、石林子梁、瓦房川至石门林场场部，南至本县石门山水家坪，西界经马栏农场江南站、旬邑县马栏镇金盆、马栏、地家坪、何家湾、田家湾岳王庙村至牙里河，以马栏河为界，北界以转角村、朱家店、高窑子、杨店子为界，南界至石门林场、代家山梁、马曲至牙里河。范围包括：旬邑县马栏、石门两个国有林场和马栏农场、马栏、城关、职田5个乡镇的部分村，东西长约22km，南北宽约45km，总面积为：30049h㎡。保护区内主要河流有：马栏河、发源于马栏关门子川，经旬邑县城在彬县境内注入泾河，县境内河长113.5km，流域面积1279164k㎡其中较大的支流有石底子川、杨家店子川、第界河、蚂蚁沟、属沮河水水系，境内面积较小，该保护区是旬邑县、彬县、淳化、铜川等地约26万人生活用水的水源地，年供水量700万立方米，供水范围跨越咸阳、铜川两市。